Het hoogste bestuursorgaan binnen de vereniging CNV is de Algemene Vergadering (AV). De Algemene Vergadering bestaat uit vertegenwoordigers van de bonden die bij het CNV zijn aangesloten.

De AV kiest de leden van het Dagelijks Bestuur, onder wie de voorzitter van het CNV. De AV stelt de strategische documenten van het CNV vast, zoals het Visieprogramma en het Bestuursplan. De Algemene Vergadering keurt daarnaast het jaarverslag en de jaarrekening van de vakcentrale goed. In de regel vergadert de Algemene Vergadering een keer per jaar in november.

Het Algemeen Bestuur van het CNV bestaat uit 14 leden. Elf leden worden aangewezen door de bonden, drie leden worden gekozen door de Algemene Vergadering. Elke CNV-bond wijst een AB-lid aan.

Het Algemeen Bestuur bepaalt de hoofdlijnen van het CNV-beleid. Dat gebeurt door het al dan niet goedkeuren van SER-adviezen, aanbevelingen van de Stichting van de Arbeid, e.d. Het AB geeft de koers aan die het CNV moet varen bij interne projecten op het gebied van samenwerking tussen bonden en de vakcentrale. Ten slotte keurt het Algemeen Bestuur de begroting van de vakcentrale goed.

Het Algemeen Bestuur ziet er als volgt uit:  

Dagelijks Bestuur CNV

Het bestuur van het CNV heeft tot 1 mei 2010 een nieuwe taakverdeling met een grotere verantwoordelijkheid voor de voorzitters van bonden. Het CNV gaat voortvarend aan de slag met deze nieuwe manier van werken waarin bonden en vakcentrale eensgezind samen de schouders eronder zetten. Dat zal de komende tijd onder meer gebeuren bij de zware beleidsonderwerpen en het formuleren van de toekomstvisie van het CNV.

Van Boggelen blijft als waarnemend voorzitter eindverantwoordelijk voor de CNV vakcentrale, de algehele coördinatie, internationale activiteiten en hij blijft woordvoerder. De taakverdeling in het bestuur ziet er als volgt uit:

Waarnemend penningmeester: Dirk Swagerman (CNV Dienstenbond)
Waarnemend secretaris: Arend van Wijngaarden (CNV Hout en Bouw)
Beleid (regiegroep, lobby etc.): Michel Rog (CNV Onderwijs) en Jaap Jongejan (CNV bedrijvenbond)
Selectiecommissie en Ontwikkeling CNV: Eric de Macker (CNV Publieke Zaak)
SER (naast Bert van Boggelen): Jesse Klaver (CNV Jongeren)
Christelijk Sociaal Denken: Leen la Rivière (CNV Kunstenbond)

Tot 1 mei pakken deze voorzitters van bonden diverse taken op. In de tussentijd zoekt de selectiecommissie door naar een nieuw Dagelijks Bestuur.